Естественные колебания уровня средних и мелких озер также отражаются в многолетней динамике ландшафтов. Регулярные наблюдения за уровнями таких озер практически не проводятся; имеющиеся сведения о колебаниях нередко разноречивы. Исследования автора показывают, что последние 8—10 лет большинство малых озер находятся в трансгрессивной фазе, признаков регрессии нигде не обнаружено.
На таких озерах Карельского перешейка, как Воробьево, Мал. Бережное, Длинное, в полосе мелководья шириной до 10—15 м от уреза воды обнаружен массово погибший древостой высотой до 15 м и возрастом не менее 30 лет. В составе преобладают черная ольха, береза и сосна — древесные породы, которые выносят периодическое кратковременное подтопление. Поэтому можно говорить о предшествующем периоде более низкого стояния уровней озер, когда успел сформироваться относительно сомкнутый древостой прибрежной полосы. Кое-где даже появился подрост ели высотой до 2 м, впоследствии полностью усохший. Нынешний подъем уровней озер составляет не менее 0,5 м — например, на северном берегу оз. Воробьево полностью затоплена узкая песчаная коса длиной до 50 м, отмеченная на топографических картах 1960-х гг. В северо-восточной части оз. Белое, на Кургальском полуострове, в 1995 г. обнаружена коса длиной около 100 м, сложенная торфом мощностью более 1,5 м. Сейчас идет активный размыв торфяной толщи и намыв на нее озерного песка, мощность которого достигла 10 см. Это также свидетельствует о повышении уровня озера.
Речная сеть региона подвержена многолетним колебаниям водности. В бассейне Ладоги А. Н. Афанасьев установил с середины XIX в. 5 внутривековых циклов продолжительностью от 9 до 26 лет. Этот же автор рассматривает повышение стока в 1952—1960 г. как начало фазы подъема нового векового цикла. В бассейне Вуоксы после спада в 1960-1970-х гг. последние 10—15 лет сток увеличивается.
