Сильно сократилось население и в уездах, остававшихся под московской юрисдикцией. В 1582—1585 гг. в Новгородском и Ладожском уездах числилось в Живущем менее 1/5 части всех поселений и примерно такая же доля населения по отношению к показателям 1500 г. Из 23 погостов этих двух уездов в 1583 г. девять погостов было пустых. Разорение было настолько глубоким, что поглотило и рост средних размеров поселений, о котором говорилось выше.
В целом по Водской пятине количество деревень уменьшилось от 4262 в 1501 г. до 242 в 1581 г. В результате кризиса пострадали все категории земель, но особенно поместные владения, где доля «пустого» нередко превышала 90% . О запустении южных ингер — манландских уездов в конце кризиса дает представление табл. 6. Из нее следует, что в начале XVII в. в Копорском уезде было 62% пустых деревень, в Ямском — 61%, в Ивангородском — 38%. В Копорском уезде, например, полностью запустел пограничный с московскими землями Орлинский погост. В Нотебургском уезде в 1618 г пустовало 68% из 801 крестьянского надела, без учета данных Спасского и Корбосельского погостов.
Важно отметить, что на степень запустения практически не влияло качество сельскохозяйственных земель. Так, в некогда многолюдном Кипенском погосте, бблыпая часть которого находилась на Ижорской возвышенности с дерново-карбонатными почвами, в 1623 г. жило всего 75 человек, а из 62 деревень остались заселенными лишь 8 . Наоборот, в Куйвошском и Келтушском погостах южной части Карельского перешейка, где распространены более бедные песчаные почвы, в первой четверти XVII в. пустых наделов не было вовсе. Эти факты подчеркивают что пространственная картина запустения определялась не природными факторами, но степенью разорения территории в результате боевых действий, опричнины и другими социально-экономическими причинами.
