Немало брошенных железных дорог зарастает лесом. Вначале на насыпях, обогащенных органическим веществом, разрастаются серая ольха и разные виды ив. Затем мелколиственные породы обычно уступают место ели. Например, бывшее полотно линии Чудово — Веймарн в районе ст. Дивенская, которое в 1950-х гг. использовалось как грунтовая дорога, ныне покрыто почти непроходимым еловым молодняком. На западном участке этой же заброшенной дороги, вблизи верховьев рек Веряжка и Лемовжа, был встречен обильный подрост широколиственных пород — клена, липы и вяза. При этом отдельные деревья вяза достигали высоты 18 м. Под таким древостоем и подростом на насыпи сформировался богатый травяной покров, включающий неморальные виды. Здесь также обычны малина, крапива и другие растения, предпочитающие богатые азотом почвы.
Заброшенные насыпи подвергаются процессам почвообразования. Так, спустя 55 лет после снятия рельсов с железной дороги на Кургаль — ском полуострове, в насыпи под еловым травяным лесом образовался 10-сантиметровый бурый горизонт, содержащий гумус. В этом горизонте уже появились признаки оподзоливания. Брошенные насыпи, несмотря на зарастание деревьями и кустарниками, нередко подвергаются размыву при сильных ливнях; при этом образуются эрозионные рытвины.
Иногда следы заброшенной железной дороги обнаруживаются с трудом. Обычно это характерно для тех участков, где насыпь была невысокой или вообще отсутствовала. Например, самый западный участок уже упоминавшейся дороги Чудово— Веймарн, проходящий по Ижорской возвышенности, был, по-видимому, перепахан. Почти не осталось следов от «Дороги победы» , строившейся в 1943 г. «на скорую руку». А насыпь бывшей линии Гдов—Нарва в 12 км севернее г. Сланцы уходит под воды Нарвского водохранилища.