В связи с глубоким социально-экономическим кризисом второй половины XVI — начала XVII в., о причинах которого говорилось в гл. 3, система расселения региона претерпевает коренные изменения. Признаки запустения обозначились к 1569 г., т. е. еще до начала активных боевых действий на территории. Например, в Копорском уезде в 1569 г. опустел каждый четвертый двор. Однако исчезновение массы мелких деревень вызвало рост поселений средних размеров. Этот процесс, как считаетА. Я. Дегтярев, подталкивался увеличением «государевых податей», побуждавшим крестьян уменьшить размер облагаемого налогами участка.
Крах системы расселения Водской пятины еще более усугубился в 1580-е гг. За время смуты и шведской интервенции запустело 60% деревень и 40% обеж Ивангородского, Ямского и Копорского уездов. Разница в этих цифрах, видимо, объясняется тем, что в наибольшей степени обезлюдели деревни, состоявшие из 1-3 дворов: уход одной крестьянской семьи мог означать запустение целой деревни. В Ореховском уезде в 1582-1585 гг. оставалось 11,2% от численности населения на 1500 г. Полностью обезлюдели даже некоторые погосты. «…Пусто, господине, в нашем погосте…, пусты обжи, не паханы, не кошены. Пашня и покос лесом растет…» — свидетельствует НПК XVI в.
