В этом разделе нельзя не коснуться наводнений в устье Невы — известнейшего природного феномена, роль которого в функционировании акватории Невской губы и истории Петербурга до сих пор оживленно дискутируется. Основные причины невских наводнений — нагоны воды, вызываемые циклонами, двигающимися с запада на восток, а также порождаемые циклонами.«длинные волны». Наводнением принято считать превышение уровня над ординаром не менее 150 см.
Сведения о наводнениях сохранились с конца XVII в. Самый сильный из отмеченных подъемов уровня наблюдался в 1691 г. — 7,6 м, тогда затопление распространилось до р. Бол. Охта. За период существования Петербурга-Ленинграда было три катастрофических наводнения: 1777 г, 1824 г. и 1924 г. . Каждое из них подробно описано не только в научной, но и в художественной литературе.
Из многочисленных работ по анализу невских наводнений отметим статью Е. В. Максимова, где установлено, что наиболее благоприятные условия для наводнений складываются во время тепло-сухих и отчасти во время тепло-влажных интервалов векового ритма. Прогноз катастрофического наводнения Невы в первые десятилетия XXI в., сделанный Е. В. Максимовым, близок к предположениям К. Кондратовича, основанным на предстоящем совпадении снижения уровня солнечной активности в 11-летнем и вековом циклах.
Русло Невы, как наиболее молодой из крупнейших рек региона, отличается повышенной динамичностью. Г. А. Немиров указывает на ряд образовавшихся и исчезнувших островков в дельте Невы в течение XII—XIX вв. Этот автор также отмечает, что на одной из шведских карт 1681 г. в верховьях Невы около левого берега начерчено 6 небольших островков и один остров длиной в 3 версты; к XIX в. все они «срослись» с берегом. Однако наибольшие изменения в гидрографию Невы внес человек.
