Любые земляные работы, выполняемые при строительстве дорог, частично нарушают локальный поверхностный сток. При достаточном количестве водопропускных сооружений — мостов и труб — эти изменения незаметны. Там, где водопропускников не хватает либо они не справляются со всем объемом стекающей воды, возникает периодическое переувлажнение либо постоянное заболачивание. Его признаки — гибнущий на корню лес, долго не высыхающие лужи, разрастание осок, болотного разнотравья, впоследствии кукушкина льна и сфагнов. Размеры очагов придорожного заболачивания достигают десятков и даже первых сотен метров. Больше всего таких участков вдоль заброшенных дорог, водопропускные устройства которых забиваются грунтом. Например, на бывшей железной дороге Веймарн — Чудово в районе верховьев правых притоков Луги заболачивание идет с северной стороны насыпи, поскольку сток направлен на юг и юго-запад.
В ряде случаев проложенные железные дороги изменили очертания водоемов. Известное ныне всем петербуржцам Кавголовское озеро при строительстве линии Петербург — Хиитола было окончательно отделено от расположенного восточнее Кургаловского озера. Дорога прошла по дамбе, соединившей две песчаные косы; между озерами осталась лишь протока шириной несколько метров, через которую проложен мост. Дамба, поросшая деревьями, в жаркие летние дни собирает сотни отдыхающих. По всей видимости, отсыпка дамбы ухудшила проточность Кургаловского озера и ускорила зарастание его северной части. Похожая ситуация наблюдается в проливах, отделяющих острова Высоцкий и Майский в Финском заливе от материка. Здесь при прокладывании железнодорожной ветки Кайслахти — Уурас в 1920-х гг. были насыпаны дамбы, превратившие проливы в постепенно зарастающие заливы.
